Zwiebel schälen und fein hacken. Paprika waschen und Kerngehäuse entfernen; in kleine Würfel schneiden. Kürbis abspülen, entkernen und in kleine Würfel schneiden. 1 EL Olivenöl in einer Pfanne erhitzen und das Gemüse darin ca. 3 Minuten bei mittlerer Hitze anbraten. Wasser hinzugeben und etwa 5-6 Minuten kochen. Zitrone auspressen; Thymian abspülen und abzupfen; Alle Zutaten für die Soße im Mixer pürieren.
Die Rote Beete schälen und mit einem Gemüsespaghettischneider zu Spaghettis schneiden. Gesalzenes Wasser in einem großen Topf zum Kochen bringen, dann die Rote Beete Spaghetti hineingeben und für ca. 3 Minuten bissfest blanchieren.